Militaire et ornithologue
En 1862, Coues entre à l'école de médecine militaire comme cadet, obtient son titre de médecin l'année suivante mais devient, en 1864, assistant-chirurgien.
En 1869, on lui propose de devenir professeur de zoologie et d'anatomie comparée à la Norwich University, école militaire privée du Vermont, mais ses obligations de service l'empêchent d'accepter.
En 1872, il publie Key to North American Birds qui contribue à l'essor de l'étude taxinomique des oiseaux.
Entre 1873 et 1876, Coues fait partie, comme chirurgien et naturaliste de la Commission des frontières du nord des États-Unis conduite par Ferdinand Vandeveer Hayden (1828-1887). Il publie, en 1874, Birds of the North West, en 1878, Birds of the Colorado Valley. Il s'intéresse également aux mammifères comme en témoigne, en 1877, la parution d'un important travail sur les rongeurs nord-américains : North American Rodentia. Entre 1876 et 1880, il devient le secrétaire et naturaliste du bureau de recherche géologique et géographique des États-Unis. Entre 1877 et 1882, il donne des cours d'anatomie à l'école de médecine de l'université de Columbia, devient professeur d'anatomie entre 1882 et 1887.
En 1881, il quitte l'armée avec le rang de capitaine et se consacre alors entièrement à la recherche scientifique et à l'écriture. Il est l'un des trois principaux fondateurs de l'American Ornithologist's Union, qu'il dirige de 1892 à 1895, et est responsable de l'édition de son journal, The Auk ainsi que de plusieurs autres revues ornithologiques. Il est l'ami et le conseiller de l'artiste Louis Agassiz Fuertes (1874-1927).
Il est l'auteur de nombreuses publications (plus de 300), écrites par lui seul ou en collaboration, principalement en ornithologie mais aussi en mammalogie. Son livre Fur-Bearing Animals (1877) est très remarqué et décrit notamment plusieurs espèces devenues rares aujourd'hui. Mais c'est son livre Key to North American Birds qui est considéré comme sa contribution la plus importante : il influence une génération entière d'ornithologues aux États-Unis.
Coues et la spiritualité
Coues s'est particulièrement intéressé aux question spirituelles et théosophiques – un côté de sa nature peu connu, même de ses proches associés scientifiques. Entre 1885 et 1886, il assurera même la présidence de l'Esoteric Theosophical Society of America, ainsi que d'autres sociétés théosophiques, notamment l'American Board of Control of the Theosophical Society of India et de la Philosophical Science Congress du World Congress Auxillary de Chicago, en 1893.
Malgré ses nombreuses activités dans d'autres domaines, il trouva le temps de préparer et de publier différentes brochures sur ces thèmes, parmi lesquelles : Biogen, a Speculation on the Origin et Nature of Life (1884), The Deamon of Darwin (1884), Buddhist Catechism (1885), Kuthumi (1886) ; Can Matter think ? (1886), A Women in the Case (1887), Signs of the Times (1888). Ses liens avec la Société théosophique furent rompus en 1889, suite à un désaccord profond avec la fondatrice, Helena Blavastsky qu'il accusera de charlatanisme, de falsification, de tricherie, etc. Cela lui vaudra d'être expulsé de la société.
Il participera par la suite activement à de nombreuses encyclopédies et supervisera l'édition de plusieurs récits de voyage dont les Journals of Lewis and Clark (1893) et The Travels of Zebulon M. Pike (1895).
Il décède le 25 décembre 1899 suite à une intervention chirurgicale au John Hopkins Hospital de Baltimore dans le Maryland. Il est enterré dans le cimetière national d'Arlington.
Liste partielle des publications
– 1861 : A monograph of the Tringeae of North America (Philadelphie).
– 1873 : A check list of North American birds (Naturalists' agency, Salem).
– 1874 : Field ornithology. Comprising a manual of instruction for procuring, preparing and preserving birds, and a check list of North American birds (Naturalists' agency, Salem).
– 1874 : Birds of the North-west
– 1877 : Monographs on North American Rodentia, avec Joel Asaph Allen
– 1878 : Birds of the Colorado Valley... scientific and popular information concerning North American ornithology (Gov't print, Washington).
– 1878-1880 : A Bibliography of Ornithology (incomplet).
– 1879 : A check list of North American birds (F.W. Putnam, Salem).
– 1881-1883 : avec Winfrid Alden Stearns (1852-1909), New England bird life: being a manual of New England ornithology (Lee and Shepard,Boston ; C.T. Dillingham, New York).
– 1882 : The Coues check list of North American birds (Estes and Lauriat, Boston).
– 1884 : Biogen, A Speculation on the Origin and Motive of Life
– 1884 : The Daemon of Darwin
– 1886 : Can Matter Think ?
– 1887 : Neuro-Myology